まだ作業出来ていないのですが、先日のYOOFUUDOOさんで発見した保護回路にインスピレーションを受けまして、これを中に入れれば(かつUSBの充電口だけ加工or追加すれば)いちいちバッテリーを筐体から出さないでも、飛ばしていない時にUSBに挿しておけば充電できると発見。多分これだけ小さいサイズの基盤であれば結構中がタイトなX-Liteといえども入ると想像します。もしくは丸型も売っているのを発見してるので、X-Liteのキャップ側に加工するという手もあるかもです。ソッチの方が加工の難易度は上がると思いますが。

1S 3.7V 18650 Lithium Battery Protection Board 2A Overcharge Over-discharge Short Circuit Protect BMS PCM Li-ion Module

Overcharge detection voltage: 4.25 ± 0.05V
Overcharge release voltage: 4.23 ± 0.05V
Over discharge detection voltage: 2.45 ± 0.1V
Upper limit continuous current: 2A
Overcurrent detection current: 2.5A
Charging voltage: 4.2V
Product Size: 30 * 3.7 * 2.2MM

調べてみると2S分まとめて管理というボードも多そうですが、何となく1本ずつ管理してもらう方が安全な気がするのでコレを2個、X-Liteの中に入れる想定です。